Es existieren eine Reihe von Dokumentformaten für eBooks. Einige sind speziell für diesen Anwendungsbereich entwickelt worden, einige sind allgemeine Standard-Dokumentformate.
Tragbare Geräte wie PDAs und SmartPhones verfügen meist über eingeschränkte Rechen- und Speicherkapazität. Kompakte und leicht zu verarbeitende Dateiformate sind daher von Vorteil.
Die Vielfalt der möglichen Endgeräte macht es wünschenswert, dass ein Dokument auf möglichst vielen Plattformen verwendbar ist. Andernfalls muss der Autor bzw. Verleger für jede Plattform eine eigene Version produzieren. Dies ist insbesondere bei proprietären Formaten ein Problem, für deren Anzeige ein Programm eines bestimmten Herstellers notwendig ist.
Ein klassisches Buch besteht nicht aus losen Seiten, sondern wird gebunden. Ebenso sollte ein eBook nicht aus losen Dateien (Text, Grafiken) bestehen, sondern aus einem einzelnen, klar definierten Paket. Dies erleichtert die Distribution der Dokumente, und ihre Verwaltung auf dem Endgerät.
Die natürlichen Content Producer für eBooks sind die klassischen Verlage. Sie allein verfügen über die Infrastruktur und den Pool an bestehenden Inhalten für die großflächige Umsetzung der eBook-Idee. Sie sind allerdings, ebenso wie die Musik- und Filmindustrie, besorgt um ihr Copyright. Ein Dateiformat, das problemlos kopiert und online gestellt werden kann, wird kaum die nötige Unterstützung seitens dieser Industrien bekommen. Sie bevorzugen Formate mit der Möglichkeit zur Beschränkung der Nutzung, beispielsweise auf eine bestimmte Person, ein bestimmtes Gerät oder einen bestimmten Zeitraum.
Es folgt eine Liste einiger wichtiger Dateiformate (nach [Kirvin2001]).
Dieses binäre und proprietäre Format für die gleichnamige Lesesoftware von Microsoft. Es ist nur für Desktop-Windows und Windows CE verfügbar und unterstützt verschiedene Varianten des Rechtemanagements.
Auch das MobiPocket-Format, lesbar mit der MobiPocket Reader-Software, ist ein binäres Format mit Unterstützung für Rechtemanagement. Es ist insbesondere in der PDA-Welt verbreitet. Die Software ist für viele Plattformen verfügbar, unter anderem für Windows CE, Palm, Psion und Symbian.
Das Portable Document Format der Firma Adobe ist im Web ein Quasistandard für den Dokumentenaustausch geworden. Die umfangreichen Möglichkeit zum Verschlüsseln, Schützen und Signieren von PDF-Dateien haben das Format auch für die Anwendung im eBook-Bereich interessant gemacht. PDF-Dateien lassen sich jedoch auf kleinen Bildschirmen nur sehr schlecht anzeigen, da es sich um eine Seitenbeschreibungssprache handelt. Dementsprechend ist der Acrobat eBook Reader nur für Windows und Mac verfügbar.
Unstrukturierter ASCII-Text ist das portabelste aller Formate, allerdings aufgrund der fehlenden Möglichkeiten für Navigation und Layout kaum für das Veröffentlichen von Büchern geeignet. Aber für eine andere Meinung, siehe [ProjectGutenberg].
Technologien wie Wireless LAN und GPRS lassen mobile Geräte und das Internet immer mehr konvergieren. Dementsprechend wächst die Bedeutung von HTML als Dokumentformat auf portablen Geräten. Die Verwendung dieser offenen und portablen Sprache als eBook-Format liegt nahe. Allerdings gestaltet sich das offline-Lesen von HTML-Dateien schwierig, und die Anforderungen an die Software sind aufgrund vieler begleitender Dateiformate und inkompatibler Implementierungen recht hoch.